Primeiro é necessário baixar o gconf:
$ aptitude install gconf
e se você ainda não possui o gnome-terminal:
$ aptitude install gnome-terminal
Agora abra o gnome-terminal, que se encontra em Aplicativos > Terminal ou pressione Alt + F2 e digite gnome-terminal.
e vá no menu Editar > Preferências do perfil. Vá na aba Plano de Fundo e marque a opção de Fundo transparente.
Agora falta apenas alterar um parâmetro do gconf-editor.
Para os one-linners de plantão, digite o seguinte comando no terminal:
# gconftool-2 --type bool ---set /apps/metacity/general/compositing_manager true
Para quem prefere o ambiente gráfico, basta seguir os seguintes passos.
1 - Abra o gconf-editor. Para isso vá em Aplicativos > Sistema > Editor de configurações ou pressione Alt + F2 e digite gconf-editor.
2 - Estando dentro do Editor, vá em apps > metacity > general e marque a caixa referente a compositing_manager.
Segue um screenshot de como fica o gnome-terminal:
Qualquer dúvida deixe um comentário.